وأثبتت الدراسات الأثرية أن الشونة تكّيفت بتغييرات كبيرة في مبناها لتناسب غايات مختلفة عبر العصور، ويرجح أن يعود تاريخ تشييد المبنى الحصين في الشونة إلى فترة بين القرن التاسع والعاشر الهجري «القرن 15 و16 الميلادي» في العصر المملوكي تقريبا. ويدل اكتشاف برج حصين في زاوية المبنى، إضافة إلى 4 كرات حديدية، وقذيفة مدفع حجرية واحدة عثر عليها في الموقع، إلى أن المكان استخدم كمستودع للأسلحة أو حامية عسكرية.

واكتشف علماء الآثار قطعا عدة من الخزف الصيني الفاخر، يعود تاريخها إلى 12 و13 الهجري «القرنين 18 و19 الميلادي»، وخلال هذه الحقبة، كانت الشونة تستخدم مخزنا حكوميا، لتخزين الحبوب والأخشاب والذخيرة، وأشياء أخرى.

وحُددت وظيفة الشونة في القرن العشرين تقريبا في استخدامها مخزنا خاصا لأحد التجار لتخزين البضائع المستوردة من شتى أنحاء العالم، فيما تشير الاكتشافات في هذا الموقع إلى أن جدة، التي تعد نقطة التقاء مهمة للتجارة على ساحل البحر الأحمر، كانت على اتصال وثيق بشبكة التجارة الآسيوية ولاحقا الأوروبية، وستخضع مكتشفات الموقع للترميم قبل عرضها للعموم.